El Tribunal ha conocido una variedad de casos y violaciones de los derechos humanos y de los pueblos que pueden agruparse en áreas temáticas que incluyen las principales sesiones y sentencias llevadas a cabo desde 1979 hasta hoy.
El espectro de sesiones y sentencias a que se refiere esta primera agrupación temática incluye situaciones de descolonización (Sahara Occidental, 1979; Eritrea, 1980; Timor Oriental, 1981; Puerto Rico, 1989), problemas de autodeterminación interna (Argentina, 1980; Filipinas, 1980; El Salvador, 1981; Zaire, 1982; Guatemala, 1983) y agresión externa (Afganistán I y II, 1981, 1982; Nicaragua, 1984). En este ámbito temático se incluyen las situaciones de un pueblo considerado minoría nacional, como los casos de Armenia (1984), la Amazonia brasileña (1990) y el Tíbet (1992) y, por último, los trabajos sobre la antigua Yugoslavia (1995), de cuyo análisis surgió una exacerbación del derecho de autodeterminación que, para el Tribunal, debe considerar siempre el respeto de los derechos fundamentales.
El Tribunal ha dedicado numerosas sesiones a las causas estructurales que vulneran la autodeterminación de los pueblos. Esta vertiente temática incluye documentación sobre las responsabilidades de los Estados, las instituciones internacionales y los actores económicos, principalmente los organismos financieros internacionales y las empresas transnacionales, en la violación de los derechos humanos y de los pueblos. Se trata de una larga lista de sesiones que van desde las dedicadas a las políticas del Fondo Monetario Internacional y el Banco Mundial (1989; 1994), a las catástrofes de Bophal (1992; 1994) y Chernóbil (1996), hasta las más recientes sobre las empresas transnacionales en Colombia (2006-2008), América Latina (2006-2010; 2014) y las políticas de libre comercio en México (2011-2014). Forman parte del mismo grupo las sesiones sobre las empresas de pesticidas (2011), sobre los megaproyectos a gran escala en Europa (2015), sobre los salarios dignos para las trabajadoras de la industria indumentaria (2011-2015), sobre las empresas transnacionales en los países del África subsahariana (2016-2018), sobre el fracking y el cambio climático (2018) y, por último, sobre el Cerrado brasileño (2019-2022). La documentación y los análisis puestos a disposición por el TPP documentan el carácter no ocasional de los abusos cometidos, que el Tribunal ha calificado, según los casos, en los términos de crímenes contra la humanidad, crímenes económicos y corporativos, crímenes ambientales y crímenes sistémicos.
Los análisis sobre la impunidad se han ido convirtiendo en un elemento central y transversal de todas las sesiones del Tribunal, gracias a la aportación doctrinal realizada por la sesión sobre crímenes contra la humanidad en América Latina (1981-1991) cometidos durante la transición de regímenes dictatoriales y situaciones de conflicto armado y represión interna. La sesión sobre «La conquista de América y los orígenes del Derecho Internacional» (1992), por su parte, puede considerarse un recurso metodológico y doctrinal único aplicable a toda la obra del TPP. En ella se puso de relieve cómo los mecanismos de dominación concebidos a principios del siglo XVI en nombre de la libertad de comercio (jus communicationis) no han dejado de adaptarse a las relaciones de poder y dominación económica y financiera que tienen lugar en el mercado mundial. Forma parte de este grupo de sesiones la reflexión sobre el retorno de la guerra en los años 90 como instrumento de resolución de conflictos entre Estados (2002). La sesión analizó la crisis de las relaciones internacionales y del derecho internacional que se estaba produciendo entonces, sus causas políticas, los peligros para el orden mundial y las posibles respuestas a la misma.
Este grupo temático se debe a la frecuencia con la que el TPP ha adoptado la calificación de genocidio en sus sentencias, desde el caso de Armenia (1984), Guatemala (1983), pasando por el caso sobre la antigua Yugoslavia (1995), hasta las sesiones más recientes sobre los tamiles en Sri Lanka (2010; 2013; 2022), los rohingya en Myanmar (2017) y Colombia (2021-2022). El TPP recopiló información sobre las implicaciones políticas, económicas y culturales de la ausencia de reconocimiento formal del genocidio. Las incertidumbres de las instituciones internacionales pertinentes en este ámbito confirman la necesidad de explorar los pasos que deben darse para afirmar el derecho a la vida y a la autodeterminación de los pueblos como piedra angular de un orden internacional fundado en los principios de los derechos humanos y la democracia.
Las sesiones sobre los derechos de los niños y los adolescentes (1995;1999) inauguraron el tema de las violaciones que afectan a grupos de personas y comunidades más allá de las fronteras nacionales de los Estados. Casos más recientes son la sesión sobre migrantes y refugiados (2017-2020), que analizó las consecuencias de las políticas de la UE y de los Estados miembros en relación con cuestiones como la externalización de las fronteras, la criminalización de la solidaridad, la salud y el trabajo. Las sesiones se centraron en las responsabilidades conjuntas de cada uno de los Estados examinados (Italia, Francia, España, Reino Unido y Alemania) y de la Unión Europea y se calificaron utilizando la expresión «crimen de sistema» a la que corresponde «una suma de decisiones tomadas a lo largo de los años en diferentes países y que, por esta razón, no son fácilmente atribuibles a la responsabilidad de individuos identificados, Estados concretos o empresas específicas».