La solicitud para examinar la situación en la ex Yugoslavia fue presentada al Tribunal Permanente de los Pueblos (TPP) en marzo de 1994 por la asociación suiza «Tribunal Former Yugoslavia» de Berna, junto con juristas y organizaciones de la sociedad civil. La complejidad de las cuestiones llevó al TPP a dividir el procedimiento en dos sesiones: la primera se celebró en Berna del 17 al 20 de febrero de 1995 y la segunda, en Barcelona, del 7 al 11 de diciembre del mismo año.
La sesión de Berna se llevó a cabo mientras el conflicto aún estaba en curso y se centró principalmente en Bosnia y Herzegovina, situando además la guerra en el contexto político y constitucional más amplio de la disolución yugoslava. El Tribunal examinó el conflicto a la luz del derecho internacional, el derecho humanitario, los derechos humanos y los derechos de los pueblos. Según la Sentencia, el conflicto bosnio no podía considerarse una simple guerra civil, ya que también fue alimentado por intervenciones y agresiones externas, en particular a través de la participación de Serbia y Croacia, mientras que la propaganda nacionalista contribuyó a la radicalización del conflicto étnico.
El Tribunal examinó testimonios procedentes de Bosnia y Herzegovina, informes de expertos y representantes de la sociedad civil, así como contribuciones de las distintas partes involucradas. Se escucharon testimonios de serbios, croatas y bosnios, y también se analizó la situación de las mujeres como víctimas de la guerra. Se prestó especial atención a las ONG, los movimientos pacifistas, las iniciativas a favor de los derechos humanos y los proyectos de reconstrucción de una sociedad civil no fundamentada en la pertenencia étnica o nacional.
El Panel de Jueces constató numerosas violaciones del derecho internacional, entre ellas, violaciones de la integridad territorial y de la soberanía de los estados, injerencias en los asuntos internos, violaciones de los derechos humanos y del derecho internacional humanitario. En lo que respecta particularmente a Bosnia y Herzegovina, calificó como genocidio de la población musulmana bosnia ciertos actos cometidos en el marco de la denominada «limpieza étnica», como asesinatos, persecuciones, violaciones y condiciones de vida incompatibles con la supervivencia de la población. No obstante, la evaluación de las responsabilidades no se atribuyó a una sola parte. El Tribunal afirmó la existencia de violaciones masivas de los derechos de las distintas comunidades étnicas y religiosas por parte de las fuerzas combatientes de los diversos bandos del conflicto. Asimismo, señaló violaciones humanitarias por parte de las autoridades musulmanas bosnias, croatas y serbias, aunque destacó la gravedad particular de las violaciones cometidas por la parte serbobosnia en lo que respecta al acceso de las organizaciones humanitarias a las poblaciones civiles.
Por último, la sesión de Berna se reservó el derecho de completar en Barcelona el examen de las responsabilidades de los Estados implicados y de las cuestiones adicionales relativas a los crímenes cometidos durante el conflicto.
